豬舍發酵床系統包括豬舍建筑物、發酵床、動物養殖及管理方法，是一個完整的飼養體系。發酵床系統的運行狀況是各子系統狀態及耦合度的綜合反映。一個好的豬舍發酵床系統不僅能夠節能減排，而且可以通過節水省工和促進生豬生長等方式提高養殖整體經濟效益。
一、豬舍選址與圈舍結構
1、豬舍的選址。豬舍應選在地勢較高、排水良好、交通便利的地方，四周無屏障，可保證通風良好。
2、豬舍朝向。豬舍朝向和間距必須滿足日照、通風、防火和防疫等要求，豬舍長軸朝向以南向或南偏15度以內為宜。
3、建筑物的結構。豬舍建筑結構與傳統豬舍無太大差異，要求舍頂用石棉瓦或聚乙烯材料等覆蓋，能夠防風、防雨雪和阻擋紫外線、隔熱保溫。舍頂最好能伸出1-1.2米寬的屋檐，邊墻安裝百葉窗、風機或排氣扇。豬舍墊料層以上凈高度不低于2.5米，跨度以9-15米為宜。
4、豬舍間距。為保持良好的光照和通風，每相鄰兩豬舍縱墻間距不低于7米，每相鄰兩豬舍端墻間距不少于10米，豬舍距圍墻不低于10米。
5、圈舍基本結構和組成。豬欄舍內基本配置與傳統豬舍相同，即每個欄舍配置常規的圍欄、食槽、飲水裝置和加濕裝置，但圈舍地面需設置兩個功能區，一個是發酵床，另一個是硬化區(主要用于夏季休息)。發酵床由發酵槽和墊料組成，靠發酵床的外墻設置墊料進出口、通氣與滲濾液排放口，在室外設置滲濾液收集器。
6、發酵床。設置在靠外墻一側，面積占圈舍面積的55-65%，其發酵槽的深度依據墊料性質和飼養管理條件而定，一般低于休息區(硬化區)40-100cm。發酵槽底部地面可以為土質地面，但需夯(壓)實，以免動物糞尿形成的污染物下滲污染地下水。若養殖場地下水位較高，發酵槽應建在地上且地面應做防水處理。如養殖場地下水位較深，發酵槽可以建在地下或半地下。墊料是鋪設在發酵槽中的有機材料，一般為木屑、秸稈段(粉)、稻殼、花生殼、礱糠等，這些材料需要經過高溫堆積發酵處理，達到無害化后才能填入發酵槽。
7、墊料進出口。主要是方便墊料進出和發酵床的清理。
8、通氣與滲濾液排放口。位于發酵槽外側底部，排放口尺寸為20厘米×30厘米，數量依據圈舍大小設置，一般10米寬的圈舍設置5-6個即可。平時作為通氣孔，當墊料水分過高時作為滲水孔。
9、滲濾液收集器。為保護養殖舍外環境，在養殖舍外緊鄰外墻挖1.5米深的集水坑做滲濾液收集器，滲濾液通過明溝與集水坑相連通。集水坑上要加蓋防護。明溝及集水坑均要高出地面15厘米，以免雨水倒灌。要勤于檢查，若集水坑水位較高，要及時抽出并加以處理。
10、硬化區。設置在飼養通道一側，面積占圈舍的35-45%，混凝土硬化地面，為豬采食、活動與休息的場所。硬化區的設置在高溫夏季尤為重要，高溫季節發酵床溫度相對較高，而硬化區地面相對涼爽，可供動物休息。在硬化區，可以根據不同養殖對象進行不同的設施設置。如進行群體養殖的待產母豬和產后母豬，可以成排設置僅供一頭豬采食或飲水的隔離欄，避免母豬在采食時發生踩踏事故。對于斷奶仔豬和育肥豬，則無需設置隔離欄。成年公豬則需要單舍(欄)喂養，不宜群養。
